توتون صنعت - دلایل چندی بر ناکارآمدی این سامانه‌ها عنوان می‌شود که اهم آنها را در نبود زیرساختها، معماری نامناسب، عدم کارآیی و آسان نبودن استفاده، عدم یکپارچگی، به روز نبودن و عدم توجه به ضرورت وجود یا نبود آنها میتوان خلاصه کرد.
این شده است که سامانه‌ها بجای این که امور را تسهیل کنند گره‌ای بر گره‌های ناگشوده قبلی کسب و کار افزوده‌اند. در شماره دی ماه ماهنامه توتون صنعت در گزارشی تحت عنوان «اقتصاد در منگنه سامانه ها» به تفصیل به مشکلات سامانه ای کسب و کارها پرداخته شد. اخیراً مصطفی کربلایی دبیر انجمن تولیدکنندگان، واردکنندگان و صادرکنندگان محصولات دخانی طی نامه‌ای به رئیس ستاد صنایع دخانی ضمن اشاره به مشکلات ناشی از قطعی‌های مکرر و بیش از سه ماهه سامانه جامع تجارت درخواست نموده است به موضوع رسیدگی و مشکل برطرف شود. در این نامه آمده است:
«حسب اطلاعات واصله بیش از سه ماه است که سامانه جامع تجارت دچار اختلال جدی و قطعی‌های مکرر می باشد، به نحوی که امکان ثبت اسناد، معاملات و سایر مندرجات الزامی در سامانه‌ها برای فعالان این حوزه مقدور نبوده و یا با تأخیر بسیار انجام می شود. این امر با توجه به تکالیف و ضمانت اجراهای قانونی از جمله موضوع ضوابط اختصاصی خرید، فروش، حمل و نگهداری محصولات دخانی و بخشنامه‌های آن ستاد محترم، برای تولیدکنندگان و توزیع کنندگان محصولات دخانی مسئولیت های حقوقی و صنفی در پی دارد. از یک طرف سازمان‌های متولی، بازرسین و ضابطین دادگستری بدون توجه به وضعیت سامانه‌ها در اجرای مقررات مذکور نسبت به بازرسی، انطباق و تشکیل پرونده اقدام می‌نماید و از سوی دیگر مراجع اداری، انتظامی و قضایی توضیحات و دلایل مطروحه فوق دایر بر حدوث قوه قاهره و مشکلات سامانه‌ها را قابل استماع و رافع مسئولیت تلقی نمی‌نمایند، لذا تقاضا دارد به نحو مقتضی برای حل و فصل موضوع دستور پیگیری صادر فرمایید.»